È possibile scegliere uno dei cinque livelli di difficoltà. Se volete concentrarvi maggiormente sulla storia, la difficoltà Facile o Media è un'ottima scelta; le impostazioni di difficoltà Difficile ed Estrema vi offrono un'esperienza di combattimento più impegnativa, adatta agli asso del volo. Inoltre, è disponibile una modalità permadeath in cui ogni morte del giocatore comporta un Game Over.
| Facile | Medio | Duro | Estremo | Permadeath |
| L'IA è meno aggressiva e infligge meno danni. | L'IA è più aggressiva; i giocatori dovranno fare attenzione al proprio loadout e ai Riti del Potere. | L'IA è molto più aggressiva e infligge più danni. | L'IA è molto più aggressiva. La capacità delle navi nemiche, della corazza e degli scudi è aumentata del 25%. | L'IA è impostata alla stessa difficoltà della modalità EXTREME. Alla morte del giocatore i dati di salvataggio vengono cancellati e bisogna ricominciare dall'inizio. |